category/sub-category/entry_basename.html にすると確かに、エントリーへのURLは、日付からカテゴリーの情報に変わりますが、まだまだ課題が。。。
カテゴリのURLが、「cat1とかcat2とか、、、猫じゃねぇぞ～！」と突っ込みたくなりますが、ちょっとそこは抑えて。
まずは、その次の post_xxxx.html を変えていきます。
結果的に、entry_basename.html にすると、エントリーのタイトルがすべて日本語の時、post_xxxx.html という表記になります。
そもそもMovableType自体英語圏で作られたものなので、タイトルがそのままentry_basenameになるのだと思います。が、さすがに日本語をそのままファイル名にするわけにもいかず、日本語化するにあたり、この辺が改良（？）されてるのだと思います。カテゴリのcatも同じことでしょう。
エントリーのタイトルに英字が入っていれば、その英字でファイル名が構成されます。
ここは詳しく調べたわけではないんですが、たぶん、こういうことだろうと思います。どちらにしろ、あまり好ましくないファイル名なので、ここをなんとかしたいものです。
MovableTypeも3.2になってから、エントリーファイル名を指定できるようになりました。
新規エントリーの画面に下に入力フィールドがあります。通常はロックがかかっているので、横っちょの鍵マークをクリックしてロックを外し、希望するファイル名を入力します。
これを使えば、任意のファイル名が設定できるので、ここを有効に使うのも手です。
前述の MovableType 4989 さんもここを利用してるんじゃないかなぁ
はじめの頃に気づいて、最初わざと「oneday」とか、英単語で意味の通るタイトルで下書き保存して、ファイル名を確定させてから、日本語のタイトルに修正して、とやってた時期もありました。が、一瞬でしたケドも(^_^;)
3.2からファイル名変更できるのは、便利ですよねぇ。